بررسی اختلالات تغیرات بیان ژن Lnc13 در بیماران مبتلا به سلیاک در مقایسه با افراد سالم و همبستگی با ویژگی های کلینیکوپاتولوژیک

نویسندگان
نغمه زمانی 1
فرزانه تفویضی 1
محمد رستمی نژاد 2
1 دانشگاه ازاد اسلامی
2 دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی
چکیده
مقدمه

بیماری سلیاک نوعی بیماری خود ایمنی بوده که در آن فرد، با مصرف گلوتن موجود در گندم، جو و چاودار دچار نوعی پاسخ ایمنی گشته، که در نهایت منجر به از بین رفتن پرزهای روده‌‌ باریک می‌‌شود. با توجه به نقش محرز ژن‌‌های غیر کدکننده در بیماری سلیاک و تاثیر آنها در پیشرفت بیماری، این مطالعه جهت بررسی بیان ژن Lnc13 در بیماران مبتلا به سلیاک در مقایسه با گروه کنترل طراحی شد.

مواد و روش‌‌ها

مطالعه حاضر، از نوع مورد-شاهدی بوده که در آن 50 فرد مبتلا به بیماری سلیاک، طی سال‌‌های 1395-1396 به بخش گوارش و کبد بیمارستان طالقانی مراجعه نموده‌‌اند، علاوه بر آن 20 فرد سالم به عنوان گروه کنترل مورد بررسی قرار گرفتند. استخراج RNA از خون محیطی به وسیله کیت RNeasy Mini انجام شد. سنتز cDNA با استفاده از کیت ترمو فیشر انجام شده و پس از آن برای بررسی کمی بیان ژن Lnc13 با استفاده از تکنیک Real time PCR انجام گردید. تجزیه و تحلیل آماری با استفاده از نرم‌‌افزار دستگاه Rotor Gene ، آنالیز داده‌‌ها با استفاده از نرم‌‌افزارSPSS v.21 و رسم نمودارها با استفاده از نرم‌‌افزار 5 GraphPad prism صورت گرفت.

یافته‌‌ها

میزان بیان ژن Lnc13 در خون بیماران سلیاک نسبت به گروه سالم بررسی شد که نشان دهنده‌‌ افزایش معنی‌‌دار در ژن Lnc13 بود (05/0>P) ) 95% CI0.5521 to 1.250 (

نتیجه‌‌گیری

با توجه به نتایج به دست آمده می‌‌توان اظهار داشت که بیان ژن Lnc13 در خون بیماران مبتلا به سلیاک تغییر قابل توجهی در مقایسه با گروه شاهد دارد. لذا تغییرات بیان ژن Lnc13 در افراد مبتلا به بیماری سلیاک، می‌‌تواند به عنوان بیومارکری جهت پیش آگهی، تشخیص و درمان به‌‌کار رود.
کلیدواژه‌ها
بیماری سلیاک
بیان ژن
ژن های غیر کد کننده
ژن Lnc13

عنوان مقاله English

Evaluation of Lnc13 relative expression comparing to healthy volunteers and correlation with clinicopathological feature

نویسندگان English

. Naghmeh Zamani 1
Farzaneh Tafvizi 1
Mohammad Rostami Nejad 2
1 Islamic Azad University
2 Shahid Beheshti University of Medical Sciences
چکیده English

Introduction

Celiac disease has been known to be one of the health concerns with an increasing trend worldwide. This autoimmune disease is due to a reaction to gluten resulting in destroyed intestinal villi. Recent studies have shown that Lnc13 affects the pathogenicity of the disease. However, recent studies showed that this group of genes can affect the inflammation due to the disease. We aimed to evaluate the expression of Lnc13 in Iranian celiac patients.

Materials and Methods

In this case-control study, a total of 50 celiac patients and 20 healthy controls blood samples were collected during the 1396-1395 years that referred to the Research Institute for Gastroenterology and Liver Diseases, ShahidBeheshti University of Medical Sciences, Tehran, Iran. To evaluate the relative expression of LncRNA13, the qRT-PCR method was applied.

Results

Significantly correlation between Lnc13 gene relative expression in patients with celiac disease and control group was observed (95% CI 0.5521 to 1.250, P< 0.05)

Conclusion

According to our investigation maybe an abnormal expression of Lnc13 gene in blood of celiac patients use as a biomarker for the direction Prognosis, diagnosis, and treatment of Celiac disease.

کلیدواژه‌ها English

LncRNA13
Long non Coding RNA
Celiac disease (CD)
1. Nejad MR, Rostami K, Emami MH, Zali MR, Malekzadeh R. Epidemiology of celiac disease in Iran: a review. Middle East J Dig Dis 2011;3(1):5-12.
2. Beckedorff FC, Amaral MS, Deocesano-Pereira C, Verjovski-Almeida S. Long non-coding RNAs and their implications in cancer epigenetics. Biosci Rep 2013;33(4). pii: e00061.
3. Djebali S, Davis CA, Merkel A, Dobin A, Lassmann T, Mortazavi AM, et al. Landscape of transcription in human cells. Nature 2012;489(7414):101-8.
4. Calcagno DQ, Gigek CO, Chen ES, Burbano RR, Smith MdAC. DNA and histone methylation in gastric carcinogenesis. World J Gastroenterol 2013;19(8):1182-92.
5. Kapranov P, Cheng J, Dike S, Nix DA, Duttagupta R, Willingham AT, et al. RNA maps reveal new RNA classes and a possible function for pervasive transcription. Science 2007;316(5830):1484-8.
6. Guttman M, Amit I, Garber M, French C, Lin MF, Feldser D, Huarte M, et al. Chromatin signature reveals over a thousand highly conserved large non-coding RNAs in mammals. Nature 2009;458(7235):223-7.
7. Ranjbar R, Chaleshi V, Aghdaei H, Morovvati S. Investigating the association between miR-608 rs4919510 and miR-149 rs2292832 with colorectal cancer in Iranian population. Microrna 2018;7(2):100-6.
8. Wang D, Garcia-Bassets I, Benner C, Li W, Su X, Zhou Y, et al. Reprogramming transcription via distinct classes of enhancers functionally defined by eRNA. Nature 2011;474(7351):390-4.
9. Esteller M. Non-coding RNAs in human disease. Nat Rev Genet 2011;12(12):861-74.
10. Castellanos-Rubio A, Fernandez-Jimenez N, Kratchmarov R, Luo X, Bhagat G, Green PH, et al. A long noncoding RNA associated with susceptibility to celiac disease. Science 2016;352(6281):91-5.
11. Castellanos-Rubio A, Fernandez-Jimenez N2, Kratchmarov R1, Luo X3, Bhagat G4, Green PH, et al. A long noncoding RNA associated with susceptibility to celiac disease. Science 2016;352(6281):91-5.
12. Ryan JC, Wu Q, Shoemaker RC. Transcriptomic signatures in whole blood of patients who acquire a chronic inflammatory response syndrome (CIRS) following an exposure to the marine toxin ciguatoxin. BMC Med Genomics 2015;8(1):15.
13. Huarte M. A lncRNA links genomic variation with celiac disease. Science 2016;352(6281):43-4.
14. Weinberg R. The biology of cancer. Garland science; 2013.
15. Mercer TR, Dinger ME, Mattick JS. Long non-coding RNAs: insights into functions. Nat Rev Genet 2009;10(3):155-9.
16. Prensner JR, Chinnaiyan AM. The emergence of lncRNAs in cancer biology. Cancer discov 2011;1(5):391-407.
17. Yang G, Lu X, Yuan L. LncRNA: a link between RNA and cancer. Biochim Biophys Acta 2014;1839(11):1097-109.
18. Derrien T, Johnson R, Bussotti G, Tanzer A, Djebali S, Tilgner H, et al. The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: analysis of their gene structure, evolution, and expression. Genome Res 2012;22(9):1775-89.
19. Fu X, Fu N, Guo S, Yan Z, Xu Y, Hu H, et al. Estimating accuracy of RNA-Seq and microarrays with proteomics. BMC genomics 2009;10:161.